藤花落遺址位于連云港經濟技術開發區中云街道西諸朝社區南、北云臺山之間的沖積平原上，面積40萬平方米，發現于1986年，包含北辛文化、龍山文化、岳石文化時期的文化遺存。藤花落距今4600—4000年，與夏朝基本同時，是我國迄今發現的首座內外城雙重結構的城址，被評為2000年度中國考古十大新發現。

歷經1996年至2004年四次考古發掘，發現龍山文化的城墻、大型臺基、居住房址、灰坑、用水坑、灰溝、水溝、防護環城壕、水稻田以及岳石文化的環壕、灰坑等遺跡，出土玉器、石器、陶器2000多件及碳化稻粒數百顆。

藤花落古城由內外兩道城垣組成，內城和外城有著功能上的區別，內城是生活區，外城是生產區，所有的房址都在內城之中，東、南、西部內外城之間的距離相當，北部內外城之間有較廣闊的空間。這里是稻作生產區。藤花落古城內房子基址形態多樣，分為長方形單間房、雙間房、排房、回字形房，并且在總體布局顯示出差異性。以內城東部的一條東西向的主干道為界，北部房址平面有圓形、梯形、方形，形狀不甚規矩，房址單間面積比較小，每間面積在5—7平方米；而路南的房址結構考究，皆為方形，除單間外，還有排房，平面較規整，雙間房和排房的分布規則基本一致，每間面積在12平方米。在內城居住區北部發現一處建在臺基之上的高臺式建筑。此建筑平面呈回字形，外間面積達109平方米，內間面積達31平方米，分為兩層。內間平面上分布三塊巨石，另有一處“暖炕”，專家推測是氏族長老的住所，在此舉行祭祀活動和氏族會議。

在古城南墻和南城門口兩側的城墻夯土中發現了許多長方形和橢圓形的土坑，其內分別埋置人、豬、狗的遺骸，有的是數人同埋一坑，當是為建筑奠基的“人牲”和“犧牲”的祭祀坑是原始宗教儀式的遺存。

藤花落古城內不僅有獨特的城墻結構和豐富的遺跡，還有大量珍貴的文物，展現了龍山文化時期的城市面貌和社會生活。

北部內外城之間一號水田遺跡揭露面積約為67平方米，由水田、水口、水溝、石埠頭等組成。水田土壤經江蘇省農科院測試分析，含有大量的龍山文化時期水稻植體。在城外發現稻及與稻伴生的主要禾本科植物如蘆葦、竹等蛋白質體種類。碳化稻粒經鑒定為岳石文化時期的“優選”粳稻，其中一粒金黃色稻粒經檢測與現代粳稻十分接近。

昔日繁華的城市今朝只剩黃土一片，專家推測，藤花落古城消失的原因有兩個：一是洪水和海侵。外城墻發現洪水沖擊痕跡，有專家認為海水倒灌導致了藤花落的滅亡；二是環境災難。大量樹木被砍伐，導致環境惡化，引發干旱或洪澇災害。據環境考古學的研究表明，4200年前的龍山文化晚期經歷較長期的陸地水患。藤花落遺址在龍山文化后期出現過長時間的陸相水生環境。當時的藤花落古城降雨量偏大，處于一種過濕的積水或濕地環境，氣候異常出現過災難性大水，雖然有城墻保護，卻給農業生產和狩獵帶來嚴重破壞，先民們不得不放棄此家園。

此外，大量的樹木被砍伐，用來筑城、造屋、燒造陶器或用于日常生活周圍生態環境的惡化，引發了洪澇災害等，人們無法在此生存。